Il carbonio del suolo (C) è essenziale per migliorare la produttività delle colture e la qualità dei suoli. Tuttavia, i rapporti di ricerca sul miglioramento della produttività del sistema e dello stato del suolo C nell'acido Inceptisol della regione nord-orientale (NER) dell'India nell'ambito della gestione integrata sostenibile dei nutrienti (INM) non sono adeguatamente disponibili. Qui, abbiamo studiato un sistema riso-riso dopo 32 anni (1987-2020) di trattamenti INM continui con letame di fattoria (FYM)/ stoppie di riso/ Azolla e input di fertilizzanti chimici. I dati sulla resa sono stati misurati ogni anno per ricavare l'indice di resa sostenibile (SYI) e negli ultimi tre anni sono stati raccolti campioni di suolo per valutare le diverse frazioni C, le scorte di C e gli indici di sequestro e C. La dose raccomandata di fertilizzanti (CDR) + stoppie di riso ha aumentato significativamente la resa totale e il SYI rispetto al controllo non fertilizzato, seguito da CDR + FYM e CDR + Azolla. Il trattamento CDR + Azolla ha efficacemente migliorato le frazioni C molto labili e labili, mentre CDR + stoppie di riso hanno contribuito alle frazioni C meno labili e non labili nel suolo. Lo stock SOC massimo è stato trovato sotto RDF + FYM (67,1 Mg ha−1) e RDF + stoppie di riso (66,6 Mg ha−1), mentre il più basso nel controllo non fertilizzato (39,1 Mg ha−1). Il sequestro del suolo C ha seguito lo stesso trend compreso tra -4,0 e 24,1 Mg ha−1. Le frazioni di C solubile in acqua e di biomassa microbica sono risultate essere le più sensibili alle diverse pratiche di gestione dei nutrienti. I trattamenti INM hanno mostrato un indice di labilità, un indice di pool C e un indice di gestione C più elevati. Mentre la resa è diminuita nel controllo non fertilizzato, la fornitura di fertilizzanti organici e chimici ha sostenuto la produttività riso-riso con un miglioramento dello stato C del suolo a lungo termine.