La parte di Orizzonte 2020 più rilevante per l'innovazione agricola, alimentare e forestale è la sfida per la società 2 "Sicurezza alimentare, agricoltura e silvicoltura sostenibili, ricerca marina, marittima e sulle acque interne e bioeconomia". I temi affrontati includono l'aumento sostenibile della produttività, la promozione della fornitura di servizi ecosistemici, la responsabilizzazione delle popolazioni rurali e lo sviluppo di pratiche forestali sostenibili. Nella maggior parte dei casi è possibile richiedere finanziamenti per progetti di ricerca e innovazione con almeno tre partner in tre diversi Stati membri. I bandi Horizon 2020 includono in particolare diverse opportunità per sostenere progetti multinazionali di innovazione in agricoltura, attraverso reti tematiche e progetti multi-attore che coinvolgono diversi tipi di attori come agricoltori, consulenti, ricercatori, agroalimentari. Esistono anche alcune possibilità per progetti a partecipazione unica, come quelli finanziati dallo "strumento per le PMI" che aiuta le PMI ad alto potenziale a sviluppare idee innovative per prodotti, servizi o processi pronti ad affrontare la concorrenza del mercato globale.