I vantaggi economici dell'agricoltura biologica e la sua ampia adozione sono ben documentati, ma l'impatto di tale pratica sulla dinamica del suolo C nelle terre coltivate irrigate delle regioni semiaride è meno ben compreso. Nei sistemi di produzione biologica basati sul letame, le applicazioni dei rifiuti animali sul terreno non solo forniscono nutrienti, ma potrebbero anche contribuire al sequestro del carbonio nel suolo. Uno studio è stato condotto in agroecosistemi di cotone irrigato (Gossypium arboreum L) del New Mexico (USA) in pratiche convenzionali (CONV; 100 kgN/ha come urea e NH4NO3) e pratiche di agricoltura biologica (OF per 3-9 anni; 50 Mg di letame secco/ha ) per valutare l'effetto dell'OF sugli stock di suolo C (organico, inorganico) e sugli indici biochimici [biomassa microbica C (MBC); respirazione; quoziente metabolico (qCO2)]. Nello strato di aratro (0-30 cm), gli stock di carbonio organico (SOC) del suolo tendevano ad essere più alti (sebbene non statisticamente) sotto OF (35,9 Mg C/ha) rispetto a CONV (33,5 Mg C/ha). Tuttavia, quando è stato considerato l'intero profilo del suolo di 100 cm, il SOC totale in CONV ha superato quello in OF di 39,8 Mg C/ha, ma ciò può essere influenzato da altri fattori. Rappresentando il 52% dello stock C totale, la C inorganica era significativamente più alta sotto CONV rispetto a OF ed era positivamente correlata alla respirazione del suolo e al rapporto H/C della sostanza organica del suolo. Sebbene la durata della OF non abbia avuto un effetto coerente sulle proprietà biochimiche del suolo, la MBC era significativamente più alta (1,5 volte) e la qCO2 (3-6 volte) era inferiore nei suoli fertilizzati organicamente rispetto a CONV. Questi risultati suggeriscono lo sviluppo, sotto OF, di una comunità microbica del suolo che è più ampia ed elabora substrati C aggiunti in modo più efficiente rispetto alla comunità presente nelle pratiche CONV.